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一般认为原生动物的祖先是一些古老的“植物－动物”性的类群,称为古代的植鞭毛虫。从古代植鞭毛虫分为几个不同的根株，每个根株上升到现代原生动物的祖先。这是一种多系统的理论。有人认为从古代植鞭毛虫演化为肉足虫。孢子虫是双重起源的，一类起源于肉足虫，一类起源于动鞭毛虫。纤毛虫直接起源于鞭毛虫，只是还说不清楚大、小核的分化和接合生殖的演化。无论哪种观点都是从现代的原生动物中进行推测，缺乏充分的根据。经典的分类把原生动物门分为 4个纲──鞭毛虫纲、肉足虫纲、孢子虫纲和纤毛虫纲。随着发现种类的增加，新技术（如电子显微镜等）的应用，分类学家对原生动物传统的分类系统进行了修正。比较一致的有： ①鉴于许多鞭毛虫的生活史中有变形期，许多肉足虫的生活史中有鞭毛期，有的种类本身就兼有鞭毛和伪足，所以把两大纲合并为肉鞭动物亚门。②传统的孢子虫纲内有些种类的生活史中并不出现孢子，应当分出来。电子显微镜观察发现某些种类在子孢子或裂殖子时期其顶端有一个复杂的亚显微结构──由极环、类椎体、表膜下微管、微孔、棒状体、微丝组成的顶复体,因而将其独立为顶复动物亚门,与微孢子虫亚门、粘体动物亚门、囊孢子虫亚门并列。③传统的分类中把盘蜷虫类放在肉足纲内。现已证明它的丝网并不是伪足，而是坚硬的、无生命的丝，因而独立为盘蜷动物亚门。本文把该方案中7个门下降为7个亚门、亚门下降为超纲，在肉足超纲内设有纲、亚纲和总目，原生动物仍作为一个门： 原生动物门(Protozoa) 肉鞭动物亚门(Sarcomastigophora) 鞭毛总纲(Mastigophora) 植鞭毛纲(Phytomastigophorea) 隐滴虫目(Cryptomonadida) 腰鞭目(Dinoflagellida) 眼虫目(Euglenida) 金滴虫目(Chrysomonadida) 异鞭目(Heterochlorida) 绿滴虫目(Chloromonadida) 定鞭目(Prymnesiida) 团藻虫目(Volvocida) 溪滴虫目(Prasinomonadida) 硅鞭目(Silicoflagellida) 动鞭毛纲(Zoomastigophorea) 颌鞭目(Choanoflagellida) 动体目(Kinetoplastida) 原滴虫目(Proteromonadida) 曲滴虫目(Retortamonadida) 双滴虫目(Diplomonadida) 锐滴虫目(Oxymonadida) 毛滴虫目(Trichomonadida) 超鞭目(Hypermastigida) 蛙片总纲(Opalinata) 蛙片纲(Opalinatea) 蛙片目(Opalinida) 肉足总纲(Sarcodida) 根足纲(Rhizopodea) 叶足亚纲(Lobosia) 裸变总目(Gymnamoebidea) 变形目(Amoebida) 裂芡目(Schizopyrenida) 泥生目(Pelobiontida) 壳叶总目(Testacealobosidea) 表壳目(Arcellinida) 毛片目(Trichosida) 微胶丝亚纲(Acarpomyxia) 细胶丝目(Leptomyxida) 坚胶丝目(Stereomyxida) 混胶丝亚纲(Acrasia) 混胶丝目(Acrasida) 真胶丝亚纲(Eumycetozoia) 原星总目(Protosteliidea) 原星目(Protosteliida) 网星总目(Dictyosteliidea) 网星目(Dictyosteliida) 胶胚总目(Myxogastridea) 棘柱目(Echinosteliida) 无丝目(Liceida) 有丝目(Trichüda) 有钙目(Stemonitida) 无钙目(Physarida) 原质亚纲(Plasmodiophoria) 原质目(Plasmodiophorida) 丝足亚纲(Filosia) 无壳目(Aconchulinida) 网足目(Gromiida) 粒网亚纲(Granuloreticulosia) 无室目(Athalamida) 单室目(Monothalamida) 有孔虫目(Foraminiferida) 丸壳亚纲(Xenophyophoria) 无线目(Psamminida) 有线目(Stannomida) 辐足纲(Actinopodea) 等辐骨亚纲(Acantharia) 全射棘目(Holacanthida) 粘合棘目(Symphyacanthida) 松棘目(Chaunacanthida) 节棘目(Arthracanthida) 辐射目(Actineliida) 多囊亚纲(Polycystinia) 泡沫目(Spumellarida) 罩笼目(Nassellarida) 稀孔亚纲(Phaeodaria) 暗囊目(Phaeocystida) 暗球目(Phaeosphaerida) 暗瓮目(Phaeocalpida) 暗尺目(Phaeogromida) 暗贝目(Phaeoconchida) 暗树目(Phaeodendrida) 太阳亚纲(Heliozoia) 结球目(Desmothoracida) 太阳虫目(Actinophryida) 列足目(Taxopodida) 中阳目(Centrohelida) 盘蜷动物亚门(Labyrinthomorpha) 盘蜷纲(Labyrinthulea) 盘蜷目(Labyrinthulida) 顶复动物亚门(Apicomplexa) 拍琴纲(Perkinsea) 拍琴目(Perkinsida) 孢子纲(Sporozoea) 簇虫亚纲(Gregarinia) 原簇虫目(Archigregarinida) 真簇虫目(Eugregarinida) 新簇虫目(Neogregarinida) 球虫亚纲(Coccidia) 拟球虫目(Agamococcidiida) 原球虫目(Protococcidiida) 真球虫目(Eucoccidiida) 焦虫亚纲(Piroplasmia) 焦虫目(Piroplasmida) 微孢子虫亚门(Microspora) 二型孢子纲(Rudimicrosporea) 异型目(Metchnikovellida) 微孢子纲(Microsporea) 小孢子目(Minisporida) 微孢子目(Microsporida) 囊孢子虫亚门(Ascetospora) 星孢子纲(Stellatosporea) 内生孢子目(Occlusosporida) 孔盖孢子目(Balanosporida) 无孔纲(Paramyxea) 无孔目(Paramyxida) 粘体动物亚门(Myxozoa) 粘孢子虫纲(Myxosporea) 双壳目(Bivalvulida) 多壳目(Multivalvulida) 放射孢子纲(Actinosporea) 放射孢子亚纲(Actinomyxia) 放射孢子目(Actinomyxida) 纤毛亚门(Ciliophora) 动基片纲(Kinetofragminophorea) 裸口亚纲(Gymnostomatia) 前口目(Prostomatida) 侧口目(Pleurostomatida) 裸口亚纲中位置未定的两个目： 原纤目(Primociliatida) 核残迹目(Karyorelictida) 前庭亚纲(Vestibuliferia) 毛口目(Trichostomatida) 内毛目(Entodiniomorphida) 肾形目(Colpodida) 下口亚纲(Hypostomatia) 蓝口总目(Nassulidea) 合膜目(Synhymeniida) 蓝口目(Nassulida) 叶咽总目(Phyllopharyngidea) 管口目(Cyrtophorida) 漏斗目(Chonotrichida) 吻毛总目(Rhynchodea) 吻毛目(Rhynchodida) 后口总目(Apostomatidea) 后口目(Apostomatida) 吸管亚纲(Suctoria) 吸管目(Suctorida) 寡膜纲(Oligohymenophorea) 膜口亚纲(Hymenostomatia) 膜口目(Hymenostomatida) 盾纤目(Scuticociliatida) 无口目(Astomatida) 缘毛亚纲(Peritrichia) 缘毛目(Peritrichida) 多膜纲(Polymenophorea) 旋毛亚纲(Spirotrichia) 异毛目(Heterotrichida) 齿口目(Odontostomatida) 寡毛目(Oligotrichida) 下毛目(Hypotrichida)
有生命的物体就叫生物，是相对于太阳、空气、山石、河水等无生命的物体而言的，动物是生物的一个组成部分。如今地球上为人所知的生物就有200万种，估计加上还未为人所知的一共可能达到450万种之多，其中已经为人所知的动物就达150万种。为了便于研究，科学家依据各生物亲缘关系的远近进行了分类。很早以前，生物被分为植物界和动物界。直到一个多世纪以前，法国学者海克尔创立了生物的第三界——原生物界。随着电镜技术的发展，细胞学研究的出现，生物分类发展到五界：即厚核生物界，原生物界，真菌界，植物界，动物界。近年来，部分学者提出将非细胞形态的病毒独立一界即病毒界。生物分类的等级（阶元）是界、门、纲、目、科、属、种。当上述等级不够用时，可以增添亚级，亚界、亚门、亚纲、亚目、亚科、亚属、亚种。如棕熊是动物界后生生物亚界脊索动物门脊椎动物亚门哺乳纲食肉目熊科真熊属棕熊种，并包括东欧、北欧、巴尔干、高加索、近东等亚种。人与棕熊同纲，属灵长目人科。“种”是分类的基本单位，其定义是能够自然交配并产生后代的自然种群的类群，这些类群与其它类群在生殖上互相隔离着，亚种间能相互自然杂交，繁殖出居间的类群。武汉动物园展出的狮虎兽，极为罕见，它是非洲狮（父）与东北虎（母）杂交产生的后代，是真正的“杂种”，这样的杂种没有完整的性生殖器官，不可能再产生后代，否则它的父母则应被定为一个种。马驴交配生产的骡子也是杂种。杂种一般体质强壮，个体大过父母，生长速度快。在蓄牧业上，利用杂种优势研究遗传育种有较强的指导意义。动物界分为原生动物亚界（五界系统中的原生生物界）、后生动物亚界，后生动物界主要包括海绵动物门、腔肠动物门，扁形动物门、纽虫门、圆虫门、轮虫门、软体动物门、环节动物门、镒虫门、节肢动物门、帚虫门、外肛动物门、腕足动物门、棘皮动物门、脊索动物门等，动物园饲养展出动物一般仅限于脊索动物门中的脊椎动物亚门。根据动物食性的不同，动物又可分为食肉类、食草类、杂食类等等不同类型。
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